Maguire từng là người ăn chay kể từ năm 1992 và trở thành người ăn chay trường vào năm 2009.[12] Năm 2002, Tạp chí PETA tuyên bố anh là người ăn chay gợi cảm nhất thế giới.[13] Anh thường có những thay đổi trong chế độ ăn uống để tăng hoặc giảm cân cho các vai diễn điện ảnh của mình. Chẳng hạn, anh đã đột ngột giảm cân để thực hiện Seabiscuit, nhưng ngay sau đó lại phải tăng cân nhanh chóng để đóng Người nhện 2.[14]

Trong một bài báo của tạp chí Premiere, Sam Raimi đã xác nhận tin đồn trong thời gian dài giữa Maguire và bạn diễn của anh trong phim người nhện Kirsten Dunst có điều gì đó trong suốt quá trình quay người nhện phần đầu vào năm 2001. Như Raimi giải thích với tạp chí: "Tôi trông thật ngớ ngẩn, bởi vì tôi đã gặp họ dùng buổi tối vào một đêm trong quá trình quay phim để nói chuyện về cảnh quay của ngày hôm sau. Và tôi đi, Ok, đó là buổi họp mặt, và sau đó tôi hỏi Kirsten, tôi có thể đưa cô về nhà, và họ nhìn nhau, và cô ấy nói, không, không, tôi sẽ chơi game Touch 10 với Tobey. Tôi không biết, đó là một game nào đó. Tôi nghĩ, thật kỳ lạ, cô ấy phải làm việc ngày mai.'"[15]

Maguire gặp Jennifer Meyer vào năm 2003 khi anh quay bộ phim Seabiscuit ở Universal Studios,và đã đính hôn vào tháng 4 năm 2006. Con gái của họ Ruby Sweetheart Maguire chào đời vào ngày 10 tháng 11 năm 2006.[16] Hai người đã kết hôn vào ngày 3 tháng 9 năm 2007 tại Kona, Hawaii.[17] Đứa con thứ hai của họ, Otis Tobias Maguire chào đời ngày 8 tháng 5 năm 2009.[18]

Maguire thường chơi bóng rổ với bạn bè[19] và tổ chức các trận đấu hàng tuận vào thứ 7 khi không quay phim ở LA.[20] Anh cũng thích xem bóng rổ, đặc biệt là đội Los Angeles Lakers, và thường đi xem với vợ.